第1回（1991）
第2回（1992）
第3回（1993）
第4回（1994）
第5回（1995）
第6回（1996）
第7回（1997）
会長：野村和弘
国立がんセンター中央病院脳神経外科
会期：1997/7/11-12
会場：東條会館（東京）
第8回（1998）
第9回（1999）
第10回（2000）
第11回（2001）
第12回（2002）
第13回（2003）
会長：中原一彦
東京大学医学部臨床検査医学
会期：2003/6/27-28
会場：東京大学医学部教育研究棟（東京）
第14回（2004）
第15回（2005）
第16回（2006）
第17回（2007）
第18回（2008）
第19回（2009）
第20回（2010）
会長：坂本 優
佐々木研究所附属杏雲堂病院婦人科
会期：2010/6/26-27
テーマ：蛍光を用いたサイトメトリー技術の進歩と医学・医療への応用
第21回（2011）
会長：薗田精昭
関西医科大学大学院医学研究科先端医療学専攻修復医療応用系幹細胞生物学
会期：2011/6/25-26
テーマ：サイトメトリー技術の革新的進歩と臨床医学への応用
第22回（2012）
第23回（2013）
第24回（2014）
第25回（2015）
第26回（2016）
第27回（2017）
第28回（2018）
第29回（2019）
第30回（2020）
会長：淺井昭雄
関西医科大学脳神経外科
会期：2020/05/30-31
会場：関西医科大学（大阪 枚方市） → 新型コロナの影響で誌上開催
テーマ：AI時代におけるサイトメトリー
第31回（2021）
会長： 岡田誠治
ヒトレトロウイルス学共同研究センター 造血・腫瘍制御学分野
会期：2021/06/26-27
テーマ：Cytometry for the future
第32回（2022）
第33回（2023）
会長：高橋 良
杏林大学大学院医学研究科共同研究施設フロ−サイトメトリ−部門
会期：2023/07/22-23
会場：オンライン開催（oViceプラットフォ−ムバ−チャル会場及びZOOM配信）
配信会場：金沢未来のまち創造館（金沢市）
テーマ：#Collaboration
第34回（2024）
会長：小賀 厚徳
山口大学大学院医学系研究科 分子病理学
会期：2024/07/6-7
会場：オンライン開催（oViceプラットフォ−ムバ−チャル会場及びZOOM配信）
配信会場：金沢未来のまち創造館（金沢市）
テーマ：Uniqueness
第35回（2025）
会長：五井 孝憲
福井大学第一外科
会期：2025/10/23-24
会場：オンライン開催（oViceプラットフォ−ムバ−チャル会場及びZOOM配信）
配信会場：金沢未来のまち創造館（金沢市）
テーマ：サイトメトリーが明かす細胞の世界